الكشف عن أطوال مختلفة من تكرارات الميكروساتلايت في الجينوم الكامل للبلاستيدة الخضراء لنخيل التمر Phoenix dactylifera
رقم التسجيل: LC202941
تم تقديمه بتاريخ 17 ديسمبر 2016 إلى قواعد بيانات DDBJ/EMBL/GenBank.
تحدث اختلافات SSRs بشكل أساسي نتيجة عدم التطابق الناتج عن انزلاق السلاسل أثناء عمليات تضاعف الحمض النووي DNA وإصلاحه وإعادة تركيبه. وقد تم استخدام التعبيرات النمطية Regular Expressions لمطابقة التكرارات داخل تسلسلات الحمض النووي.
وفي هذه الدراسة، تم تصميم أداة برمجية باستخدام لغة Visual Basic للكشف عن الأطوال المختلفة لتسلسلات SSRs في الجينوم الكامل للبلاستيدة الخضراء لنخيل التمر Phoenix dactylifera، برقم تسجيل GU811709.2.
الكشف عن المنطقة الفريدة في جينوم البلاستيدة الخضراء:
1- تصميم بادئات Primers مخصصة للكشف عن الواسم EPDCO.
2- عزل الحمض النووي DNA.
3- إجراء تفاعل PCR لمنطقة EPDCO.
4- استخدام طريقة تنقية الجل Gel Purification.
5- إجراء تسلسل الحمض النووي لمنطقة EPDCO.
6- إجراء تحليل المعلوماتية الحيوية Bioinformatics Analysis.
7- تقديم البيانات إلى GenBank.
المتغيرات متعددة الأشكال لجين PNPLA3 لدى مرضى مصريين مصابين بسرطان الخلايا الكبدية مع مضاعفات كلوية
رقم التسجيل: LC171330
تم تقديمه بتاريخ 25 يوليو 2016 إلى قواعد بيانات DDBJ/EMBL/GenBank.
يُعد مرض الكبد الدهني غير الكحولي (NAFLD) من أكثر أمراض الكبد المزمنة شيوعًا، كما يمثل مشكلة صحية متزايدة على مستوى العالم. ويعتمد ظهور المرض وتطوره على عدد من العوامل المترابطة، من بينها التغيرات الجينية، والنظام الغذائي، ونمط الحياة.
الباركود الجيني للحمض النووي للتعرف والمقارنة مع AL023654.2:
1- عزل الحمض النووي DNA من الدم.
2- تصميم بادئات Primers مخصصة لجين الباركود.
3- إجراء تفاعل PCR لجين الباركود.
4- استخدام طريقة تنقية الجل Gel Purification.
5- إجراء تسلسل الحمض النووي DNA Sequencing لناتج تفاعل PCR.
6- إجراء تحليل المعلوماتية الحيوية والتعليق التوضيحي Bioinformatics Analysis and Annotation.
التوصيف الجيني لأنواع Cymothoidae من بحيرة قارون باستخدام جينات الباركود الجيني
رقم التسجيل: LC138010
تم تقديمه بتاريخ 24 مارس 2016 إلى قواعد بيانات DDBJ/EMBL/GenBank.
تُعد Cymothoidae عائلة من القشريات متساوية الأرجل Isopods، وتوجد في البيئات البحرية وبيئات المياه العذبة. وتُعرف هذه الكائنات بأنها طفيليات خارجية تصيب الأسماك. وقد تم التعرف على حوالي 40 جنسًا وأكثر من 380 نوعًا من عائلة Cymothoidae.
الخصائص:
1- تفرز مواد مانعة لتجلط الدم وتمتص دم الأسماك.
2- توجد أنواع مختلفة من هذه الطفيليات في الجلد، والزعانف، والخياشيم، والفم، كما توجد بعض الأنواع داخل العضلات.
البيولوجيا:
1- تُعد Cymothoids كائنات خنثى متعاقبة تبدأ حياتها كذكور.
2- يتطور كل فرد صغير في البداية إلى ذكر، وفي حال عدم وجود إناث قريبة.
3- يتحول الذكر لاحقًا إلى أنثى ويرتبط بشكل دائم بالعائل.
4- تستطيع الأنثى إفراز فيرمونات تمنع ذكور Cymothoids القريبة من التحول إلى إناث.
الباركود الجيني للتعرف على الكائنات الحية وتصنيفها – الخطوات الرئيسية:
1- تصميم بادئات Primers مخصصة لجين الباركود.
2- عزل الحمض النووي DNA.
3- إجراء تفاعل PCR لجين الباركود.
4- استخدام طريقة تنقية الجل Gel Purification.
5- إجراء تسلسل الحمض النووي لجين الباركود DNA Sequencing.
6- إجراء تحليل المعلوماتية الحيوية Bioinformatics Analysis.
7- تقديم البيانات إلى GenBank.
8- إعداد المخطط الشجري Dendrogram.
التوصيف الجيني لبكتيريا Mycobacterium tuberculosis باستخدام جينات الباركود الجيني لشابرونين 60
رقم التسجيل: LC130572
تم تقديمه بتاريخ 5 مارس 2016 إلى قواعد بيانات DDBJ/EMBL/GenBank.
تُعد Mycobacterium tuberculosis نوعًا من البكتيريا الممرِضة الإلزامية التابعة لفصيلة Mycobacteriaceae، وهي العامل المسبب لمرض الدرن Tuberculosis. ويحتوي الجينوم على 250 جينًا تشارك في أيض الأحماض الدهنية، من بينها 39 جينًا تشارك في أيض Polyketide المسؤول عن تكوين الغلاف الشمعي للبكتيريا.
وتوضح هذه الأعداد الكبيرة من الجينات المحفوظة الأهمية التطورية للغلاف الشمعي في بقاء المسبب المرضي. كما تُعد تسلسلات Chaperonin مفيدة في الدراسات الوراثية والتطورية، وقد استُخدمت على نطاق واسع في دراسة تطور الكائنات بدائية النواة وحقيقية النواة.
كما تم استخدام تسلسلات Group I Chaperonin كأهداف للكشف عن الكائنات الحية والتعرف عليها، حيث يمكن تضخيم جزء يتراوح طوله بين 549 و567 زوجًا قاعديًا من منطقة ترميز cpn60، والمعروفة باسم “Universal Target”، باستخدام بادئات PCR عالمية.
وتوضح هذه الأعداد الكبيرة من الجينات المحفوظة الأهمية التطورية للغلاف الشمعي في بقاء المسبب المرضي. كما تُعد تسلسلات Chaperonin مفيدة في الدراسات الوراثية والتطورية، وقد استُخدمت على نطاق واسع في دراسة تطور الكائنات بدائية النواة وحقيقية النواة. كما تم استخدام تسلسلات Group I Chaperonin كأهداف للكشف عن الكائنات الحية والتعرف عليها، حيث يمكن تضخيم جزء يتراوح طوله بين 549 و567 زوجًا قاعديًا من منطقة ترميز cpn60، والمعروفة باسم “Universal Target”، باستخدام بادئات PCR عالمية.
الباركود الجيني للتعرف على الكائنات الحية وتصنيفها – الخطوات الرئيسية:
1- تصميم بادئات Primers مخصصة لجين الباركود.
2- عزل الحمض النووي DNA.
3- إجراء تفاعل PCR لجين الباركود.
4- استخدام طريقة تنقية الجل Gel Purification.
5- إجراء تسلسل الحمض النووي لجين الباركود DNA Sequencing.
6- إجراء تحليل المعلوماتية الحيوية Bioinformatics Analysis.
7- تقديم البيانات إلى GenBank.
8- إعداد المخطط الشجري Dendrogram.
المعمل المركزي للأبحاث
مركز التميز
منصة البحوث والمصادر الرقمية (MSAR)
المعمل المركزي للأبحاث
